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Bacterial community DNA metabarcoding
UNDER EMBARGO - This dataset is part of BE/2023 sampling campagn in SW Greenland fjords (Igaliku and Tunulliarfik). Samples for DNA extraction were collected along fjord transects at several depths of the water column. The focus of the study was to determine the taxonomical composotion of bacterial community in two Arctic fjords.
Simple
- Datum (Erstellung)
- 2026-06-16
- Datum (Überarbeitung)
- 2026-06-16
- Datum (Publikation)
- 2026-06-16
- Datum (Erstellung)
- 2016-05-19
- Identifikator
-
http://metadata.naturalsciences.be
/
bmdc.be:dataset:3143
- Datum
- Weitere Informationen
- This dataset is composed of the following sources: Marta Mikhno, Koen Sabbe (n.d.). Bacterial community DNA metabarcoding.
Verwalter
Königliches Belgisches Institut für Naturwissenschaften (KBIN), Operationelle Direktion Natürliche Umwelt (OD Natur), Belgian Marine Data Centre (BMDC)
https://www.bmdc.be
https://www.bmdc.be
Autor
Laboratorium voor Protistologie en Aquatische Ecologie, Departement Biologie (UGent)
Krijgslaan 281 S8, 9000 Gent, Belgium
,
Herausgeber
Königliches Belgisches Institut für Naturwissenschaften (KBIN) Natur)
https://www.naturalsciences.be
https://www.naturalsciences.be
Eigentümer / Datenherr
Königliches Belgisches Institut für Naturwissenschaften (KBIN) Natur)
https://www.naturalsciences.be
https://www.naturalsciences.be
- Keywords Schlüsselwörter
-
- Reporting INSPIRE
- Bundesregierung
- Nutzungseinschränkungen
- Benutzerdeifinierte Einschränkungen
- Andere Einschränkungen
- No conditions apply to access and use
- Andere Einschränkungen
- https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Zugriffseinschränkungen
- Benutzerdeifinierte Einschränkungen
- Andere Einschränkungen
- Öffentliche Zugang nicht beschränkt.
- Anwendungseinschränkungen
- Es gelten keine Bedingungen zum Nutzung.
- Sicherheitseinstufung
- Unbeschränkt
- Räumliche Darstellungsart
- Text, Tabelle
- Sprache
- English
- Thematik
-
- Meere
N
S
E
W
))
- gml32:beginPosition
- 2023-07-17
- gml32:endPosition
- 2023-07-31
- Identifikator des Referenzsystems
- http://www.opengis.net/def/crs/EPSG/0/4258
- Online
- Digital Object Identifier (DOI) ( DOI )
- Bezugsebene
- Datenbestand
Konformitätsergebnis
- Datum (Publikation)
- 2010-12-08
- Erklärung
- Siehe die angegebene Spezifikation
- Bestanden
- Ja
- Erläuterung
- Seawater DNA was amplified targeting the full-length 16S rRNA gene using primers 27F and 1492R (Lane, 1991). PCR, library preparation, and barcoding followed Van Der Loos et al. (2021), including mock community and triplicate samples for quality control. Amplicons were sequenced on an Oxford Nanopore MinION platform (R9.4.1 flow cell, 72 h run). Raw reads were basecalled with Guppy, quality-checked (NanoPlot), and demultiplexed (qcat). Chimeras were removed (Yacrd), and reads were filtered by length (1000–2000 bp) and quality (Q >10) using NanoFilt. Sequences were clustered into Operational Taxonomic Units (OTUs) at 97% similarity, and taxonomy was assigned using Kraken2. Downstream processing (phyloseq) included removal of singletons, doubletons, non-bacterial sequences (chloroplasts and mitochondria), unclassified OTUs at phylum level, and potential contaminants (>1% relative abundance in negative controls).
- Metadatensatzidentifikator
- bmdc.be:dataset:3143 XML
- Sprache
- English
- Zeichensatz
- Utf8
- Hierarchieebene
- Datenbestand
- Datum
- 2026-06-16T13:48:20.317Z
- Bezeichnung des Metadatenstandards
- Geographic information -- Metadata
- Version des Metadatenstandards
- ISO 19115:2003/19139
