Bacterial community DNA metabarcoding

UNDER EMBARGO - This dataset is part of BE/2023 sampling campagn in SW Greenland fjords (Igaliku and Tunulliarfik). Samples for DNA extraction were collected along fjord transects at several depths of the water column. The focus of the study was to determine the taxonomical composotion of bacterial community in two Arctic fjords.

Simple

Date (Création)
2026-06-16
Date (Révision)
2026-06-16
Date (Publication)
2026-06-16
Date (Création)
2016-05-19
Code
https://doi.org/10.24417/bmdc.be:dataset:3143
Identificateur
http://metadata.naturalsciences.be / bmdc.be:dataset:3143

Date

Autres informations de référence
This dataset is composed of the following sources: Marta Mikhno, Koen Sabbe (n.d.). Bacterial community DNA metabarcoding.
Gestionnaire
  Institut royal des Sciences naturelles de Belgique (IRSNB), Direction opérationnelle Milieux naturels (DO Nature), Belgian Marine Data Centre (BMDC)
Rue Vautier 29 , Bruxelles , 1000 , Belgique
https://www.bmdc.be
Auteur
  Laboratorium voor Protistologie en Aquatische Ecologie, Departement Biologie (UGent)
Krijgslaan 281 S8, 9000 Gent, Belgium ,
Editeur (publication)
  Institut royal des Sciences naturelles de Belgique (IRSNB)
Rue Vautier 29 , Bruxelles , 1000 , Belgique
https://www.naturalsciences.be
Propriétaire
  Institut royal des Sciences naturelles de Belgique (IRSNB)
Rue Vautier 29 , Bruxelles , 1000 , Belgique
https://www.naturalsciences.be
Mots clés
  • Reporting INSPIRE
  • Gouvernement Fédéral
Contraintes d'utilisation
Autres restrictions
Autres contraintes
No conditions apply to access and use
Autres contraintes
https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Contraintes d'accès
Autres restrictions
Autres contraintes
Pas de restrictions concernant l'accès public.
Limitation d'utilisation
Aucune condition ne s'applique à l'utilisation.
Restrictions de manipulation
Non classifié
Type de représentation spatiale
Tabulaire
Langue
English
Catégorie ISO
  • Océans
N
S
E
W


gml32:beginPosition
2023-07-17
gml32:endPosition
2023-07-31
Nom du système de référence
http://www.opengis.net/def/crs/EPSG/0/4258
Ressource en ligne
Digital Object Identifier (DOI) ( DOI )
Niveau
Jeu de données

Résultat de conformité

Date (Publication)
2010-12-08
Explication
Voir la spécification référencée
Degré de conformité
Oui
Généralités sur la provenance
Seawater DNA was amplified targeting the full-length 16S rRNA gene using primers 27F and 1492R (Lane, 1991). PCR, library preparation, and barcoding followed Van Der Loos et al. (2021), including mock community and triplicate samples for quality control. Amplicons were sequenced on an Oxford Nanopore MinION platform (R9.4.1 flow cell, 72 h run). Raw reads were basecalled with Guppy, quality-checked (NanoPlot), and demultiplexed (qcat). Chimeras were removed (Yacrd), and reads were filtered by length (1000–2000 bp) and quality (Q >10) using NanoFilt. Sequences were clustered into Operational Taxonomic Units (OTUs) at 97% similarity, and taxonomy was assigned using Kraken2. Downstream processing (phyloseq) included removal of singletons, doubletons, non-bacterial sequences (chloroplasts and mitochondria), unclassified OTUs at phylum level, and potential contaminants (>1% relative abundance in negative controls).
Identifiant de la fiche
bmdc.be:dataset:3143 XML
Langue
English
Jeu de caractères
Utf8
Type de ressource
Jeu de données
Date des métadonnées
2026-06-16T13:48:20.317Z
Nom du standard de métadonnées
Geographic information -- Metadata
Version du standard de métadonnées
ISO 19115:2003/19139
Point de contact
  Institut royal des Sciences naturelles de Belgique (IRSNB), Direction opérationnelle Milieux naturels (DO Nature), Belgian Marine Data Centre (BMDC)
Rue Vautier 29 , Bruxelles , 1000 , Belgique
https://www.bmdc.be
 
 

Aperçus

Étendue spatiale

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