Bacterial community DNA metabarcoding

UNDER EMBARGO - This dataset is part of BE/2023 sampling campagn in SW Greenland fjords (Igaliku and Tunulliarfik). Samples for DNA extraction were collected along fjord transects at several depths of the water column. The focus of the study was to determine the taxonomical composotion of bacterial community in two Arctic fjords.

Datum (Erstellung) Date (Création) Datum (creatie) Date (Creation): 2026-06-16

Datum (Überarbeitung) Date (Révision) Datum (revisie) Date (Revision): 2026-06-16

Datum (Publikation) Date (Publication) Datum (publicatie) Date (Publication): 2026-06-16

Datum (Erstellung) Date (Création) Datum (creatie) Date (Creation): 2016-05-19

Unique resource identifier: https://doi.org/10.24417/bmdc.be:dataset:3143

Identifikator Identificateur Identifier Identifier

http://metadata.naturalsciences.be / bmdc.be:dataset:3143

Datum Date Datum Date

Other citation details: This dataset is composed of the following sources: Marta Mikhno, Koen Sabbe (n.d.). Bacterial community DNA metabarcoding.

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Royal Belgian Institute of Natural Sciences (RBINS), Directorate Natural Environment (OD Nature), Belgian Marine Data Centre (BMDC)

Institut royal des Sciences naturelles de Belgique (IRSNB), Direction opérationnelle Milieux naturels (DO Nature), Belgian Marine Data Centre (BMDC)

Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuurwetenschappen (KBIN), Operationele Directie Natuurlijk Milieu (OD Natuur), Belgian Marine Data Centre (BMDC)

Königliches Belgisches Institut für Naturwissenschaften (KBIN), Operationelle Direktion Natürliche Umwelt (OD Natur), Belgian Marine Data Centre (BMDC)

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Laboratorium voor Protistologie en Aquatische Ecologie, Departement Biologie (UGent)

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Royal Belgian Institute of Natural Sciences (RBINS)

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Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuurwetenschappen (KBIN)

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Keywords

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Bundesregierung

Nutzungseinschränkungen Contraintes d'utilisation (Juridische) gebruiksbeperking Use constraints: Benutzerdeifinierte Einschränkungen

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Öffentliche Zugang nicht beschränkt.

Use limitation Gebruiksbeperkingen Limitation d'utilisation Anwendungseinschränkungen: No conditions apply to use.

Geen voorwaarden in verband met gebruik.

Aucune condition ne s'applique à l'utilisation.

Es gelten keine Bedingungen zum Nutzung.

Sicherheitseinstufung Restrictions de manipulation Veiligheidsrestricties Classification: Unbeschränkt

Non classifié

vrij toegankelijk

Unclassified

Räumliche Darstellungsart Type de représentation spatiale Ruimtelijk schema Spatial representation type: Text, Tabelle

Tabulaire

tekstTabel

Text, table

Sprache Langue Taal Metadata language: English

Thematik Catégorie ISO Onderwerp Topic category

Meere

Océans

oceanen

Oceans

gml32:beginPosition: 2023-07-17

gml32:endPosition: 2023-07-31

Identifikator des Referenzsystems Nom du système de référence Referentiesysteem identifier Reference system identifier: http://www.opengis.net/def/crs/EPSG/0/4258

Online Ressource en ligne OnLine bronnen OnLine resource: Digital Object Identifier (DOI) ( DOI )

Bezugsebene Niveau Niveau kwaliteitsbeschrijving Hierarchy level: Datenbestand

Jeu de données

dataset

Dataset

Konformitätsergebnis

Résultat de conformité

Resultaat conformiteit met de specificatie

Conformance result

Datum (Publikation) Date (Publication) Datum (publicatie) Date (Publication): 2010-12-08

Explanation Uitleg Explication Erklärung: See the referenced specification

Zie de gerefereerde specificatie

Voir la spécification référencée

Siehe die angegebene Spezifikation

Bestanden Degré de conformité Indicatie van conformiteit met de specificatie Pass: Yes

Statement: Seawater DNA was amplified targeting the full-length 16S rRNA gene using primers 27F and 1492R (Lane, 1991). PCR, library preparation, and barcoding followed Van Der Loos et al. (2021), including mock community and triplicate samples for quality control. Amplicons were sequenced on an Oxford Nanopore MinION platform (R9.4.1 flow cell, 72 h run). Raw reads were basecalled with Guppy, quality-checked (NanoPlot), and demultiplexed (qcat). Chimeras were removed (Yacrd), and reads were filtered by length (1000–2000 bp) and quality (Q >10) using NanoFilt. Sequences were clustered into Operational Taxonomic Units (OTUs) at 97% similarity, and taxonomy was assigned using Kraken2. Downstream processing (phyloseq) included removal of singletons, doubletons, non-bacterial sequences (chloroplasts and mitochondria), unclassified OTUs at phylum level, and potential contaminants (>1% relative abundance in negative controls).