Die Proben werden wöchentlich in jeder Abwasserreinigungsanlage (ARA) entnommen, und zwar mit Hilfe von 24-Stunden-Volumen- oder Zeitproportional-Autosamplern. Sie werden bei 4°C gelagert und innerhalb von 24 Stunden analysiert. Die Proben aus Wallonien werden bis Dezember 2023 von E-BIOM analysiert, danach von der Einheit für Lebensmittelbakterien von Sciensano. Die Proben aus die Region Brüssel-Hauptstadt sowie den Provinzen West-Vlanderen, Oost-Vlanderen und Vlaams-Brabant werden ebenfalls von der Einheit für Lebensmittelbakterien von Sciensano analysiert. Die Proben aus den Provinzen Antwerpen und Limburg werden vom Labor für Mikrobiologie, Parasitologie und Hygiene der Universität Antwerpen analysiert. Die drei Labore verwenden ein harmonisiertes Protokoll. PMMoV wird seit Mitte Februar 2021 analysiert. Nach der Probenkonzentration und RNA-Extraktion werden die Proben bis Juni 2023 mittels RT-qPCR und später mittels RT-dPCR analysiert. Es werden eine Sequenz analysiert. Die Analysen werden bis Juni in doppelt durchgeführt (in Wallonien wurden die Analysen bis Mitte September 2022 dreifach durchgeführt, danach ebenfalls zweifach), danach nur noch einmal. Für den Zeitraum von Januar bis August 2023 gibt es kein Ergebnis in Wallonien.

Die Qualität der Ergebnisse wird auf Laboratoriumsebene überprüft und validiert. Wenn die Qualität als nicht ausreichend betrachtet wird, werden zusätzliche Analysen durchgeführt. Die Laborergebnisse werden nach Erhalt durch den Datenmanager noch einmal validiert, bevor sie in die Datenbank integriert werden.

Die 24-Stunden-repräsentativen Zuflussraten jeder Abwasserreinigungsanlage werden mit Durchflussmessern erfasst. Diese Daten werden von den Abwasserbehörden bereitgestellt (Hydria und Aquiris für die ARAs in Brüssel, Société Publique de Gestion de l'Eau (SPGE) für die ARAs in Wallonien und Aquafin für die ARAs in Flandern). Zur Schätzung der Bevölkerungsabdeckung der einzelnen ARA werden die Einwohnergleichwerte (EGW) verwendet. Die EGW beruhen auf mehreren Datenquellen (Bevölkerungsdaten, Gebäudedaten, Daten zum Anschluss an das Netz und die geografische Abdeckung der ARAs). Die EGW werden von der SPGE in Wallonien und von der Vlaamse Milieumaatschappij (VMM) in Flandern bereitgestellt. In Brüssel wird die Bevölkerung auf Grundlage der von Statbel bereitgestellten Daten geschätzt. Die von den Abwasserbehörden und der VMM bereitgestellten Daten werden vom Datenmanager validiert, bevor sie in die Datenbank integriert werden.