Les échantillons sont collectés toutes les semaines, dans chaque station d'épuration (STEP) sélectionnée, à l'aide d'auto-échantillonneurs collectant des échantillons sur 24h proportionnellement au volume ou proportionnellement au temps. Les échantillons sont stockés à 4°C et analysés dans les 24 heures. Les échantillons de Wallonie sont analysés par E-BIOM jusqu’en décembre 2023 puis par l'unité Pathogènes alimentaires de Sciensano, les échantillons de la Région de Bruxelles-Capitale et des provinces de Flandre Occidentale, de Flandre Orientale et du Brabant Flamand sont analysés par l'unité Pathogènes alimentaires de Sciensano et les échantillons des provinces d'Anvers et du Limbourg sont analysés par le Laboratoire de Microbiologie, Parasitologie et Hygiène de l'Université d'Anvers. Les trois laboratoires utilisent un protocole harmonisé. Le PMMoV est mesuré depuis la mi-février 2021. Après concentration et extraction de l'ARN, les échantillons sont analysés par RT-qPCR jusque juin 2023 et ensuite par RT-dPCR. Une séquence cible est analysée. Les analyses sont réalisées en double (en Wallonie, les analyses sont réalisées en triple jusqu'à mi-septembre 2022 et ensuite en double) jusque juin 2023 et ensuite seulement une seule fois.

La qualité des résultats est contrôlée et validée au niveau du laboratoire. Si la qualité est jugée insuffisante, des analyses supplémentaires sont effectuées. Une fois reçus par le gestionnaire de données, les résultats des laboratoires sont validés à nouveau avant d'être intégrés dans la base de données. Il n'y a pas de résultat en Wallonie pour la période de janvier à août 2023.

Les débits, représentatifs des 24 heures d’échantillonnage de chaque STEP, sont collectés à l'aide de débitmètres. Ces données sont fournies par les agences des eaux usées (Hydria et Aquiris pour les STEPs de Bruxelles, la Société Publique de Gestion de l'Eau (SPGE) pour les STEPs de Wallonie et Aquafin pour les STEPs de Flandre). Afin d'estimer la couverture de population de chaque STEP, les équivalents habitants (EH) domestiques sont utilisés. Les EH sont basés sur plusieurs sources de données (données de population, données sur le type de bâtiment, données sur le raccordement au réseau et données sur la couverture géographique des STEPs). Les EH sont fournis par la SPGE en Wallonie et par la Vlaamse Milieumaatschappij (VMM) en Flandre. À Bruxelles, la population est estimée sur la base des données fournies par Statbel. Les données fournies par les agences des eaux usées et la VMM sont validées par le gestionnaire de données avant d'être intégrées dans la base de données.