De surveillance startte halverwege september 2020.

De stalen worden wekelijks verzameld bij elke geselecteerde rioolwaterzuiveringsinstallatie (RWZI) met behulp van 24-uurs volume-proportionele of tijd-proportionele autosamplers. De stalen worden opgeslagen bij 4°C en binnen de 24 uur geanalyseerd. De stalen uit Wallonië werden tot december 2023 door E-BIOM geanalyseerd en daarna door de dienst Voedselpathogenen van Sciensano. De stalen uit de provincies West-Vlaanderen, Oost-Vlaanderen, Vlaams-Brabant en het Brussels Hoofdstedelijk Gewest worden eveneens geanalyseerd door de dienst Voedselpathogenen van Sciensano en de stalen uit de provincies Antwerpen en Limburg worden geanalyseerd door het Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne van de Universiteit Antwerpen. De drie laboratoria gebruiken een geharmoniseerd protocol. Na het concentreren van de stalen en de RNA-extractie, werden de stalen tot juni 2023 geanalyseerd met behulp van RT-qPCR. Daarna werd overgestapt op RT-dPCR. Tijdens de PCR worden drie genfragmenten (N1, N2, E) gelegen in twee verschillende regio's van het SARS-CoV-2 genoom, gedetecteerd. De genfragmenten N1 en N2 zijn gelegen op het N-gen, dat codeert voor het nucleoproteïne, terwijl het genfragment E zich op het E-gen bevindt, dat codeert voor het virale enveloppe-eiwit. Sinds juni 2023 wordt enkel nog naar de N2 en E genfragmenten gekeken. De SARS-CoV-2 analyses werden tot juni 2023 in tweevoud uitgevoerd (tot midden september 2022 in Wallonië in drievoud, daarna in tweevoud) en sindsdien enkelvoudig.

De kwaliteit van de resultaten wordt op laboratoriumniveau gecontroleerd en gevalideerd. Als de kwaliteit onvoldoende wordt geacht, worden extra analyses uitgevoerd. De laboratoriumresultaten worden vervolgens nogmaals gevalideerd door de datamanager voordat ze in de databank worden opgenomen.

De 24-uurs representatieve instroomsnelheden van elke RWZI worden verzameld met behulp van debietmeters en beschikbaar gesteld door de afvalwateragentschappen (Hydria en Aquiris voor de RWZI's van Brussel, Société Publique de Gestion de l'Eau (SPGE) voor de RWZI's van Wallonië en Aquafin voor de RWZI's van Vlaanderen). De inwonersequivalenten (IE) worden gebruikt om het bevolkingsbereik van elke RWZI in te schatten en zijn gebaseerd op verschillende gegevensbronnen, zoals bevolkingsgegevens, gebouwtypegegevens, aansluiting op het netwerk en geografische dekkingsgegevens van de RWZI's. De IE worden verstrekt door SPGE in Wallonië en door de Vlaamse Milieumaatschappij (VMM) in Vlaanderen. In Brussel wordt de bevolking geschat op basis van gegevens verstrekt door Statbel. De gegevens van de afvalwateragentschappen en de VMM worden door de datamanager gevalideerd voordat ze in de databank worden opgenomen.